经济管理学院在1996年获得农林经济管理二级学科农业经济管理专业学位硕士点授予权，2006年一级学科农林经济管理学术学位硕士点获得批准。现设有6个学科研究方向：农业经济管理、农村与区域发展、林业经济管理、区域经济管理、农村财务管理、教育管理与区域发展。农业推广硕士专业学位，从2005年开始招收农村与区域发展专业的农业推广硕士，从2019年开始招收农业经济管理专业的专业学位硕士研究生。2021年经济管理学院获批公共管理专业学位硕士点，2023年开始招生。
农林经济管理是云南省较早获得硕士学位授权的专业，是云南省省级重点学科和专业人才培养基地。经过二十多年的发展，农林经济管理学科已经发展成为涵盖了经济学、管理学及社会学的综合性学科，它是一门以农业经济理论研究为基础，突出高原山区农业产业发展的应用性学科。农林经济管理依托云南省地处西南边疆，具有独特的资源优势、区位优势和开放优势，且云南正处在加速发展现代化农业、高原特色农业，建设现代化农村的新阶段，农林经济管理学科可以发挥自身独特的优势。目前，云南作为“一带一路”关键节点优势更加凸显，农林经济管理学科学术硕士研究生人才培养要切实担负起时代使命，主动服务和融入国家重大发展战略，为更好实现高水平对外开放，深化周边命运共同体实践，为促进文明互鉴、民心相通，为推动构建人类命运共同体、实现共赢共享发挥建设性作用。
农林经济管理学科已经形成了稳定而有特色的研究方向和教师队伍。现有教授14人、副教授37人，其中有博士学位14人、在读博士5人，硕士学位30人。拥有国家级和省级6个科研平台，如新农村发展研究院、云南农村发展智库、云南“三农”问题与新农村建设研究基地、云南省乡村振兴研究院、云南现代农业产业技术体系产业经济研究室等。近五年承担国家级课题12项、省部级课题54项，出版专著23部，发表学术论文380余篇，获云南省科技进步奖、云南省哲学社会科学优秀成果奖、省级教学成果二等奖等省部级奖励9项。农林经济管理学科已培养相关专业方向硕士研究生近千名，分别在国家机关、大专院校、科研院所、企事业单位就业，就业率接近100%。
农业经济管理：主要侧重于农业经济理论与政策、高原特色农业产业经济、农村发展等理论与实践的研究。研究内容包括农业技术经济、农村经济组织与管理、农产品市场与贸易等问题。
农村与区域发展：主要侧重于农村及其特定类型区域的经济与社会可持续发展、农村与区域发展的过程、模式、机制、问题及政策。研究内容包括农村发展理论与政策、农村资源环境与可持续发展、农业农村现代化、农村贫困与乡村振兴、土地资源管理等问题。
林业经济管理：主要侧重于资源与环境经济学、生态经济学与管理学等基本理论在林业领域应用的研究。研究内容包括森林资源经营管理、森林生态经济、森林环境可持续利用管理、森林资源产权制度、政策创新、循环经济与林业产业经济发展等问题。
区域经济管理：主要侧重于区域经济、空间经济与区域科学理论与方法，多民族地区农村经济发展与管理，南亚东南亚农业经济与技术合作的研究。研究内容包括农业科技合作、农业对外投资、跨境农业发展、农村减贫国际合作。
农村财务管理：主要侧重于农业农村财务管理、工程管理、咨询服务及其他经济管理工作的研究。研究内容主要包括财务管理政策与理论、财务管理实践与运用、智慧财务以及高级财务管理前沿创新等。
教育管理与区域发展：主要侧重于教育经济理论与政策研究，研究内容包括农村教育与农村经济的实践、边疆多民族地区农业高等教育发展战略、规划、管理、改革，以及与南亚、东南亚各国的合作与发展。
